Diagnóstico microbiológico de las infecciones del tracto respiratorio inferior

Dentro de las infecciones del tracto respiratorio inferior la más conocida es la neumonía. Te contamos cómo se contrae y cómo se diagnostica esta enfermedad.

¿Qué es una neumonía?

La neumonía es un proceso inflamatorio que se caracteriza por la presencia de un infiltrado exudativo y celular en el parénquima pulmonar. La mayoría de las neumonías son de causa infecciosa y tienen una evolución aguda. Ocasionalmente pueden tener un origen no infeccioso como en el caso de enfermedades autoinmunes, neoplasias o exposición a agentes tóxicos.
En los últimos años, y debido a la utilización de antibióticos, la mortalidad por neumonía ha descendido, aunque todavía un 4% de los pacientes mueren a consecuencia de la infección.
Las neumonías se presentan a cualquier edad, aunque son más frecuentes en niños y ancianos. Están especialmente predispuestos las personas que viven con un bajo nivel socioeconómico y en condiciones de hacinamiento.

¿Cuáles son las causas?

Las neumonías pueden clasificarse según distintos criterios. La clasificación etiológica (según el microorganismo causal) unida al lugar de adquisición (dentro o fuera del hospital) es la más útil a la hora de establecer el tratamiento inicial de un paciente determinado.
Las neumonías pueden estar causada por una gran variedad de microorganismos:

Bacterias

Virus

Hongos y levaduras

Micobacterias:

Mycobacterium tuberculosis: Tuberculosis.

Micobacterias atípicas.

Parásitos.

En la siguiente tabla se indican los signos y síntomas más importantes de las neumonías, el tipo de muestras que se pueden recoger para efectuar el diagnóstico y los microorganismos que se aislan con mayor frecuencia de estas muestras:

Dependiendo de la edad del paciente las causas son distintas.

Neumonía en adulto previamente sano

Microorganismo	Frecuentes	Poco frecuentes	Raros
Bacterias	-Streptococcus pneumoniae -Mycoplasma pneumoniae -Chlamydia pneumoniae	-Coxiella burnetii -Legionella spp. -Microorganismos anaerobios de la orofaringe
Hongos			-Micosis endémicas
Virus		-Virus Influenzae	-Virus Respiratorio Sincitial -Virus Varicela Zóster
Parásitos			-Ascaris lumbricoides

Neumonía en el niño

Microorganismo	Edad	Edad	Edad
		1 mes ? 5 años	> 5 años
Frecuentes
Virus		-Virus Respiratorio Sincitial -Virus Influenzae -Virus Parainfluenzae	-Virus Influenzae
Bacterias	-Strep. agalactiae Escherichia coli	Streptococcus pneumoniae Chlamydia trachomatis	-Streptococcus pneumoniae Mycoplasma pneumoniae Chlamydia pneumoniae
Menos Frecuentes
Virus	-Virus Respiratorio Sincitial Adenovirus	Adenovirus Enterovirus Enterovirus	Adenovirus
Bacterias	Klebsiella spp Otras enterobacterias Enterococcus spp Staph. aureus	Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Neisseria meningitidis Mycoplasma pneumoniae	Coxiella burnetii Anaerobios de la microbiota orofaríngea Bordetella pertussis
Raros
Virus	Citomegalovirus Rubeola		Enterovirus Virus Respiratorio Sincitial Virus Parainfluenzae
Bacterias, hongos y parásitos		Ureaplasma urealyticum Mycoplasma hominis Staphylococcus aureus Estreptococo del grupo A Enterobacterias Mycobacterium tuberculosis Ascaris lumbricoides	Staphylococcus aureus Estreptococo del grupo A Haemophilus influenzae Neisseria meningitidis Legionella spp Mycobacterium tuberculosis -Ascaris lumbricoides

El tracto respiratorio inferior (por debajo de la epiglotis) es estéril en condiciones normales.
Para hacer el diagnóstico causal de una neumonía es necesario recoger una buena muestra que no esté contaminada con microorganismos de la boca y de la faringe.
Para la obtención de una muestra correcta es necesario evitar o minimizar la contaminación con dichos microorganismos.
Las secreciones del tracto respiratorio inferior se contaminan con la microbiota del tracto respiratorio superior, a no ser que la muestra se obtenga por medio de una técnica invasiva (punción transtraqueal, broncoscopia).

¿Cómo se recogen las muestras?

Esputo:

El paciente debe lavar sus dientes y boca con suero estéril inmediatamente antes de obtener la muestra, así se disminuye el número de bacterias contaminantes de la orofaringe.
El esputo debería obtenerse a primera hora de la mañana (para recoger todo el conjunto de las secreciones nocturnas, en las cuales estarán más concentradas en los microorganismos patógenos responsables del proceso infeccioso)
Si la producción de esputo es escasa se inducirá la expectoración con nebulizaciones de solución salina.

Aspiración transtraqueal:

Tras anestesiar la piel de la garganta, se introduce en la tráquea una aguja y se aspiran las secreciones a través de un catéter.
Cualquier microorganismo aislado a partir de esta muestra se considera potencial agente causal de la neumonía.

Broncoscopia:

Se introduce un catéter de fibra óptica a través de la boca y se lleva hasta los bronquios (aspirado bronquial).
Lavado broncoalveolar: Se introduce una cantidad de solución salina estéril de forma que bañe el interior de los bronquiolos terminales y los alveolos. A continuación se recoge dicha solución y se cultiva.

Hemocultivos:

Además de muestras de secreciones respiratorias deberían extraerse hemocultivos (cultivos de la sangre) de todos los pacientes con neumonía, ya que en un porcentaje no desdeñable de casos se consigue aislar el agente causal de la neumonía de la sangre del paciente.
Si se sospechan infecciones pulmonares causadas por virus, hongos o parásitos deben utilizarse técnicas especiales para recuperar el agente etiológico.

¿Cómo se procesan las muestras?

Una vez que llegan las muestras al laboratorio, se realiza una tinción de una extensión de dichas muestras tras haberla colocado sobre un portaobjetos. Así se puede observar la morfología de los microorganismos presentes en la muestra y las características tintoriales.
Tras esto se procede a inocular distintos medios de cultivo que serán incubados en estufas a distintas temperaturas.
Estos medios de cultivo se examinarán diariamente para detectar el crecimiento de los posibles microorganismos existentes en las muestras.
Una vez que se detecta el crecimiento de algún microorganismo se procede a su identificación mediante distintas pruebas bioquímicas y se realiza una antibiograma (para estudiar la sensibilidad del microorganismo aislado frente a distintos antibióticos).

¿Qué técnicas se emplean dependiendo del germen causante?

MICROORGANISMO	TÉCNICA DIAGNÓSTICA
Neumococo	Tinción de Gram Cultivo en agar sangre + sensibilidad a la optoquina Detección de antígeno polisacáro en distintas muestras
Haemophilus influenzae	Tinción de Gram Cultivo en agar chocolate + requerimientos nutricionales Detección del polisacárido capsular
Moraxella catarrhalis	Tinción de Gram Cultivo en agar sangre + pruebas bioquímicas
Enterobacterias	Tinción de Gram Cultivo en agar Mc Conckey + pruebas bioquímicas
Mycoplasma pneumoniae	Cultivos en medios especiales Serología
Chlamydia pneumoniae	Cultivos celulares Serología
Legionella spp.	Tinción de Gimenez Cultivo en medios especiales (BCYE) Inmunofluorescencia directa Serología Detección de antígeno en orina
Mycobacterium tuberculosis	Tinción de Ziehl-Neelsen Tinción de auramina Cultivos en medio sólido (Lowenstein, Coletsos) Cultivos en medio líquido (Middlebrook 7H9) PCR sobre muestras respiratorias
Micobacterias atípicas	Tinción de Ziehl-Neelsen Tinción de auramina Cultivos en medio sólido (Lowenstein, Coletsos) Cultivos en medio líquido (Middlebrook 7H9) PCR sobre muestras respiratorias
Criptococcus neoformans	Tinciones de plata Cultivo en medios para hongos (Sabouraud)
Virus	Técnica de Shell-vial Cultivos sobre líneas celulares Serologías
Hongos y levaduras	Cultivos en medios especiales (Sabouraud)
Pneumocystis carinii	Tinciones de plata Inmunofluorescencia directa
Ascaris lumbricoides	Exámen en fresco de secrecciones respiratorias